通常急性起病，有剧烈头痛、发热、呕吐、颈项强直、典型的脑膜刺激征如Kernig征阳性，并有全身不适、咽痛、畏光、眩晕、精神委靡、感觉异常、肌痛、腹痛及寒战等。部分患者可出现咽峡炎、视力模糊等症状。肠道病毒感染可出现皮疹，大多与发热同时出现，持续4～10天。柯萨奇A5、9、16病毒和ECHO4、6、9、16、30病毒感染，皮肤典型损害为斑丘疹，皮疹可局限于面部、躯干或涉及四肢，包括手掌和足底部。柯萨奇B组病毒感染可有流行性肌痛（胸壁痛）和心肌炎。临床神经系统损害症状较少见，偶尔发现斜视、复视、感觉障碍、共济失调、腱反射不对称和病理反射阳性。重者可出现昏睡等神经系统损害的症状。