由于囊尾蚴在脑内寄生部位、感染程度、寄生时间、虫体是否存活等情况的不同以及宿主反应性的差异，临床症状各异，从无症状到突然猝死。脑实质型囊尾蚴病多见于癫痫的出现。脑室型囊尾蚴病多见于脑疝的形成。软脑膜型囊尾蚴病多会引起脑膜炎。脊髓型囊尾蚴病可出现截瘫等。