先天性弓形虫病应与TORCH综合征（风疹，巨细胞病毒感染，单纯疱疹和弓形虫病）中的其他疾病相鉴别，此外尚需与梅毒，李斯特氏菌或其他细菌性和感染性脑病，胎儿成红细胞增多症，败血症，传染性单核细胞增多症，淋巴结结核等鉴别，主要依靠病原学和免疫学检查。