（一）发热应与其他急性发热性疾病鉴别的有：伤寒、流感、上感、疟疾、急性血吸虫病、恙虫病、肺炎、流行性出血热、败血症等，除依靠临床特点外，流行病学病史，蛋白尿以及氮质血症的出现，往往对鉴别诊断提供重要的线索。

　　（二）黄疸应与黄疸型肝炎鉴别，肝炎是以食欲不振等消化道症状为显着，无眼结合膜充血和腓肠肌压痛，白细胞计数正常或减低，肝功能ALT，AST明显异常，CPK不增高，流行病学史和血清学试验可资鉴别。

　　（三）肾炎有肾脏损害而无黄疸的钩体病患者需与肾炎相鉴别，钩体病具有急性传染性热性发病过程，有结合膜充血，肌痛明显，血压多正常，无浮肿。

　　（四）肌痛应与急性风湿热相鉴别，急性风湿热的疼痛多分游走性的关节疼痛，而钩体病的肌痛以腓肠肌为基。

　　（五）出血或咯血出血可与上消化道出血，血尿，白血病，血小板减少及再生不良性贫血等疾病鉴别，可通过周围血象及骨髓检查，GI检查等手段与出血性疾病相鉴别，咯血应与肺结核，支气管扩张，肿瘤等疾病鉴别，通过肺部X线摄片或CT等检查加以区分。

　　（六）脑膜脑炎脑膜脑炎型钩体病与流行性乙型脑炎都在夏秋季流行，都无疫水接触史，亦无全身酸痛，腓肠肌压痛，结膜充血及淋巴结肿大等，乙型脑炎病情凶险，抽搐，昏迷等脑部症状比钩体病明显，尿常规，肝功能多正常。