根据临床表现，结合病理检查，邓可确诊，但应与增殖型肛门结核、生殖器癌、生殖器鲍文样丘疹病相鉴别。
由于疣的种类不同，临床表现各异：
扁平疣呈米粒及芝麻大扁平隆起的损害，表面光滑，色浅褐或正常皮色。
传染性软疣初起为米粒大、半球形丘疹，中心有小白点，逐渐增至如绿豆大，境界明显，质硬，中心凹陷似脐窝，呈灰白、乳白、微红或正常皮色，表面光滑。损害数目不定，少数散在，或数个簇集，不想融合，可挤出白色乳酪样物。
寻常疣初起为米粒大小，微黄色角化性丘疹，中央可一针头小红点，逐渐增至绿豆大小，圆形或多角形乳头状隆起，境界明显，质硬，表面粗糙呈刺状，灰白，污染或污褐色。初发常为1个，长期不变或不断增多，邻近者互相融合，有时可自身接种。
尖锐湿疣详见性传播疾病
