筛窦及额窦囊肿须与内眦部皮样囊肿、泪囊、眼眶及鼻根部肿瘤、脑疝等鉴别。上颌窦粘液囊肿应与恶性肿瘤、牙源性囊肿相鉴别。蝶窦囊肿症状与脑垂体肿瘤、颅底浆细胞瘤、脑膜瘤、神经胶质瘤和颈内动脉瘤相似，应作鉴别。