大多数肠炎是感染细菌或病毒等病菌后引起的，导致肠炎的病菌种类繁多，其中以病毒最为多见，如轮状病毒、腺病毒、柯萨奇病毒等。常见细菌有空肠弯曲菌、沙门氏菌、痢疾杆菌、致病性大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等。