腹泻与便秘交替出现的情况在临床上比较复杂，可能涉及多种潜在的原因。为了做出正确的诊断，医生需要采取一系列的步骤排除或确认不同的疾病。

首先会详细询问患者的病史，包括症状的开始时间、频率、持续时间以及症状的具体表现。了解是否有体重减轻、夜间症状、便血、发热、腹痛等伴随症状也很重要，因为这些信息可以帮助缩小可能的诊断范围。

进行全面的身体检查有助于发现可能与消化道相关的体征。医生会特别关注腹部是否存在触痛、包块或其他异常情况。

实验室检查是诊断过程中不可或缺的一部分，血液检查如全血细胞计数、生化指标等，用以评估全身状况及炎症水平。粪便检查有无寄生虫、细菌感染或潜血。肠道菌群分析有时也会用于评估肠道微生态平衡。

超声波检查用于初步评估腹部器官的情况。CT扫描或MRI对于更详细的结构评估，尤其怀疑有肿瘤或其他结构性病变时。钡餐或钡灌肠X线检查有时也会用于排除结构性变化。结肠镜检查直接观察直肠和结肠的黏膜情况，也可以取样做组织病理学检查。

胃肠道传输时间测定用于评估肠道的运动功能是否正常。记录患者的排便习惯，帮助评估排便规律性和形态。肛门直肠测压检查肛门括约肌的功能。