扁桃体肥大的治疗需要根据具体的原因和症状来确定，药物治疗通常是西医处理扁桃体肥大时的主要手段之一。

抗生素主要用于治疗由细菌感染引起的扁桃体炎，尤其是链球菌感染。如果确诊为细菌性扁桃体炎，医生可能会开具抗生素，比如青霉素类药物，如阿莫西林，或其他类型的抗生素，如头孢类药物。使用抗生素时必须严格按照医嘱服用，完成整个疗程，即使症状有所缓解也不应提前停药。

非处方的非甾体抗炎药，如布洛芬或对乙酰氨基酚，可用于缓解喉咙痛、发热等症状。这类药物具有抗炎、退热及止痛的作用。儿童使用这类药物时应当遵循儿科剂量，并且注意不良反应的风险。

对于因过敏引起的扁桃体肿大，可以考虑使用抗组胺药，如氯雷他定、盐酸西替利嗪等，来减轻过敏反应的症状。这类药物能有效缓解打喷嚏、流鼻涕、瘙痒等症状，从而减轻扁桃体的炎症反应。