青蒿素适用于各种类型疟疾的症状控制，尤其是对抗氯喹恶性及凶险型疟疾有较好疗效。另外青蒿素治疗系统性红斑狼疮及盘状红斑狼疮均可获不同程度的缓解。治疗初期病情可能有所加重，全身出现蚁走感，半个月后逐渐减轻，月余后一般情况改善。但是青蒿素治疗疟疾有个很大的缺点就是复发率太高，复发率可以达到30%，现在临床上与伯氨喹合用，可使复发率降低到10%。不过青蒿素的不良反应不是太多，少数人会有恶心、呕吐、腹泻的情况，但是孕妇最好不要应用，因为对胚胎有毒性。