脂肪肉瘤的治疗是以手术为主要方法。对于分化良好的脂肪肉瘤可行局部广泛切除术，而多形性脂肪肉瘤等则以根治性切除术为宜。由于肿瘤所在部位解剖学条件，难以施行彻底的切除术时，可行加放射治疗，可降低局部复发率。脂肪肉瘤可在手术后局部复发，复发率为57%或70.4%，而位于腹膜后的肿瘤复发率较高，其中粘液样脂肪肉瘤有发生转移到胸膜、心包与膈肌的倾向。随着医疗水平的提高，现在尽量保肢，治疗方案为术前化疗加术后化疗，这种治疗方案可使病人五年成活率由不足20％增加到50％多。因为手术前进行数个疗程的大剂量化疗，可减小肿瘤的体积，形成假包膜，为保肢创造条件，术中微波热疗可减小对骨性结构的破坏，抑制转移，以最大限度地保住患者的生命。