芽生菌病应该与其他真菌病、结核和肿瘤区别。皮肤病变可被误诊为孢子丝菌病、结核、碘中毒、基底细胞瘤。生殖器感染可能与结核相似。

肺皮炎芽生菌病应与其他真菌病、结核和肿瘤区别。