极少数情况下，肝脓肿可穿入心包、穿破腹壁。肠道阿米巴也可进入肛周、阴道、尿道等引起相应部位的脓肿或炎症。常见并发症有肠炎、阿米巴肿、阿米巴性阑尾炎等。