先天性胆管扩张症，作为一种复杂的先天性胆道畸形，其病因至今尚未完全明确。先天性胆管扩张症的病因复杂多样，涉及胆管发育异常、胰胆管合流异常、遗传因素、神经发育异常以及胆管炎症等多个方面。

首先，胆管发育异常是先天性胆管扩张症的重要原因之一。在胚胎发育过程中，如果胆管未能正常发育成型，如胆总管壁发育薄弱或胆总管远端狭窄（梗阻），都可能导致胆管壁结构异常，进而引发胆管扩张。

其次，胰胆管合流异常也被认为是该病症的主要病因之一。胰胆管交接部结构变异，如主胰管和胆总管交接处距离过远，或形成过长的共同通道，都可能导致胰液反流进入胆管，破坏胆管壁，从而引发胆管扩张。

此外，遗传因素、神经发育异常以及胆管炎症等因素也可能在先天性胆管扩张症的发生中扮演重要角色。部分患者存在相关基因异常，可能影响胆管的正常发育和功能；神经发育异常则可能影响胆管平滑肌的功能，导致胆管扩张；而反复的胆管炎症刺激也可能导致胆管壁纤维化，进而引发胆管扩张。

对于该病症的预防和治疗，需要综合考虑多种因素，制定个体化的诊疗方案。