病人常有结核病史。主要表现为阴茎头有轻度疼痛，并见溃疡长期不愈。体格检查见阴茎头有结节及溃疡，溃疡边缘清楚，周围硬，基底为肉芽组织或干酪样坏死。

由于阴茎结核罕见，故易误诊，应与引起阴茎溃疡的其他疾病如软性下疳、硬性下疳和阴茎阿米巴病相鉴别，对有严重结核的患者，更应提高警惕。阴茎结核的结节与溃疡可能与阴茎癌混淆，确定诊断的方法依靠活检或直接涂片查找结核杆菌及结核菌培养。