先天性短食管是一种罕见的先天性疾病，通常在婴儿出生后不久就会被发现。具体需要进行哪些检查，需要根据婴儿的具体症状和医生的判断决定。

可能会进行一次全面的身体检查，包括查看腹部是否有异常。

胸部和腹部的X光检查可以帮助医生查看食管的长度和形状，以及是否有其他相关的异常。

食管造影是一种使用染料和X光来查看食管的检查方法。医生会通过鼻子或嘴巴将染料注入食管，然后进行X光检查。

内窥镜检查是一种通过口腔或鼻腔插入一根长管，带有小摄像头和灯光的检查方法。可以帮助医生查看食管的内部情况，以及是否有其他相关的异常。

食管压力测定是一种测量食管肌肉收缩力度的检查方法。可以帮助医生了解食管的功能是否正常。

如果医生怀疑先天性短食管可能是由某种遗传疾病引起的，可能会建议进行基因检测。

血液检查可以帮助医生了解婴儿的整体健康状况，以及是否有其他可能的健康问题。