1.皮肤炭疽的鉴别 与痈、蜂窝织炎、丹毒等鉴别，该类感染病灶充血、疼痛，水肿较轻，很少有皮肤出血和皮肤炭黑色干痂;恙虫病，感染局部出现不痒的红色丘疹、水疱，破裂后形成小溃疡，1～2天后中央坏死结成黑色焦痂，但焦痂多在腋窝、腹股沟、会阴、肛门处。可伴全身浅表淋巴结肿大、肝脾肿大及全身性发疹。血清变形杆菌凝集反应阳性。

2.肺炭疽的鉴别 需与大叶性肺炎、肺鼠疫、钩端螺旋体病等鉴别。

3.肠炭疽的鉴别 同沙门菌肠炎、出血坏死性肠炎、肠套叠及急性腹膜炎等鉴别。

4.炭疽菌血症的鉴别 应同其他细菌引起的菌血症鉴别。