本病主要应与尿道综合征、肾结核、肾小球疾病、前列腺炎、尿路结石、腹部器官炎症等鉴别。

(１)腹部器官炎症：有些尿路真菌感染病例主要表现为腹痛、恶心、呕吐、发热、血白细胞数增高，易误诊为急性胃肠炎、阑尾炎、附件炎等，若能及时查尿，易于鉴别。

(２)尿道综合征：在有尿道症状的妇女中，约70%的患者有脓尿和细菌尿，为真性尿路感染，而另外30%的患者，不是真正的尿路感染，而属于尿道综合征。这类病例在临床上常常容易被误诊为尿路感染。

(３)尿路真菌感染还应与肾结核、肾小球肾炎、前列腺炎等疾病鉴别，后面将有详细叙述。