1.慢性肉芽肿病需与肝脾肿大、深部脓肿和肺炎。其他还有鼻炎、结膜炎、皮炎、肝脓肿等相鉴别。

2.Chédiak-Higashi综合征，需与白化病(黑色素细胞)、神经系统疾病(神经细胞)相鉴别。