本病应注意与其他腹泻相鉴别。等孢子球虫病广泛分布于热带和亚热带，尤应与阿米巴痢疾、肠滴虫病、蓝氏贾第鞭毛虫病、隐孢子虫病等区别，惟本病人体感染相当少见。