慢性结肠炎没有最好的药物，需要根据病情的轻重以及个体差异进行个体化的治疗方案。常用的药物有抗生素类药物、氨基水杨酸制剂、免疫抑制剂以及生物制剂用药等。

1、抗生素类药物：如果是和感染相关的慢性结肠炎患者可应用环丙沙星、甲硝唑等抗生素类药物，抑制肠道细菌过度增长，促使炎症消退，改善临床症状。

2、氨基水杨酸制剂：针对于轻中度溃疡性结肠炎患者可应用氨基水杨酸制剂，比如柳氮磺吡啶、5-氨基水杨酸制剂等，有利于减轻临床症状。

3、免疫抑制剂：针对病情严重的慢性结肠炎患者，可遵医嘱短期内应用泼尼松、地塞米松、氢化可的松等糖皮质激素类药物，来缓解患者所伴随的症状。

4、生物制剂：对于溃疡性结肠炎较为严重的患者还可以应用英夫利昔单抗、维多珠单抗等生物制剂进行治疗。

除此之外，还有糖皮质激素、解痉类药物、质子泵抑制剂等，慢性结肠炎患者应遵医嘱对症合理选用药物，避免盲目自行滥用药物，防止造成不良影响。