非牙源性颌骨囊肿主要通过手术的方法进行治疗，临床上比较常用的方法有开窗减压术、刮除术、颌骨部分切除术，具体方法的选择应该遵从医嘱。

1、开窗减压术：非牙源性颌骨囊肿可进行开窗减压术。此手术就是在囊壁上造一个小口，然后使囊肿里面的液体流出来，从而让囊腔内的压力降低，这样一来囊腔就会自动缩小，颌骨也会逐渐恢复外形。

2、刮除术：如果非牙源性颌骨囊肿比较小，可以在口内进行切口，然后在骨质较薄的地方凿开，使囊肿完全暴露，然后再完整的刮除掉。若囊肿的体积比较大，切口的位置应该充分将手术视野暴露出来，建议进行口外切口，这样才可以更为彻底的清除囊肿。

3、颌骨部分切除术：若病情相对比较严重，破坏的范围很大，那么在切除囊肿的同时，可能还需要将部分颌骨切除掉，这样才可以让病情得到根治。

除此之外，术后还应该适当使用一些药物促进好转，主要给予抗感染类的药物，比如青霉素类药或头孢类药。